Программное Обеспечение

Ниже по тексту представлен набор программного обеспечения, поддерживаемый на кластерах ЦКП. По запросам пользователей администраторы ЦКП могут установить необходимые прикладные программные пакеты.

Операционная система

GNU/Linux (Gentoo x64)

Компиляторы и ПО для параллельных расчетов

  • C/C++ (GCC, Intel Composer)
  • Fortran (GNU Fortran, Intel Fortran)
  • поддержка OpenMP
  • CUDA Toolkit
  • MPI (IntelMPI, MVAPICHv2, OpenMPI)
  • Intel Parallel Studio Cluster Edition (Inspector, Advisor, Amplifier, Trace Collector and Analyzer)

Специализированные вычислительные пакеты

  • Gromacs — молекулярная химия
  • Octave — численная математика
  • NAMD — молекулярная динамика
  • GAMESS — квантовая химия
  • FIREFLY — квантовая химия

Специализированные библиотеки

  • Intel MKL — математическая библиотека Intel
  • BLAS — базовые подпрограммы линейной алгебры
  • SuiteSparse —  библиотека для работы с разряженными матрицами
  • ACML — AMD Core Math Library 
  • ATLAS — библиотека для линейной алгебры
  • FFTW —  библиотека для выполнения быстрого дискретного преобразования Фурье
  • GLPK —  GNU Linear Programming Kit
  • LAMMPS — пакет для классической молекулярной динамики
  • PETSc — Портативный Переносимый Инструментарий для Научных расчетов
  • SLEPc — Пакет для работы с разряженными матрицами
  • Pymol — свободная система молекулярной визуализации

Вспомогательные пакеты

  • ImageMagick  — для чтения и редактирования файлов множества графических форматов.